自然界中低聚异麦芽糖很少以游离状态存在，但作为支链淀粉或多糖的组成部分，在某些发酵食品如酱油、黄酒或酶法糖浆中有少量存在。 工业上以淀粉为原料生产低聚异麦芽糖需要一种酶，此酶为α-糖苷酶，又名糖基转移酶，简称α-糖苷酶。它能切开麦芽糖和麦芽低聚糖分子结构中α-1，6糖苷键，并能将游离出来的一个糖残基转移到另一个糖分子或麦芽糖或麦芽三糖等分子中的α-1，6位上，形成异麦芽糖、异麦芽三糖、异麦芽四糖、异麦芽五糖和潘糖等。 低聚异麦芽糖振动筛，低聚异麦芽糖筛粉机。
低聚异麦芽糖耐热、耐酸性。浓度50%糖浆在PH3、120℃之下长时间加热不会分解。应用到饮料、罐头及高温处理或低PH食品中可保持原有特性与功能。

经多年与实际应用表明，双歧杆菌有许多功能，而作为双歧杆菌促进因子的低聚异麦芽糖自然就受到了人们的关注。

低聚异麦芽糖的大无作用量在2g/kg体重以上。对于低聚异麦芽糖粉，老鼠经口投与急性毒性LD50为4g/kg体重以上，与低毒性蔗糖（LD50为29.8/kg体重）和麦芽糖（LD50为26.7/kg体重）相比较，它是极安全的。

低聚异麦芽糖抗龋齿性甚佳，不易被蛀牙病原菌-变异链球菌（Streptococcus mutant）发酵，所以产生的酸少，牙齿不易腐蚀，它与蔗糖并用时，也能阻碍蔗糖不易被变异链球菌作用而产生水不溶性的高分子葡聚糖，抑制蔗糖的蛀牙性。低聚异麦芽糖中潘糖（Panose）对阻碍齿垢形成的效果极为明显。