自然界中低聚异麦芽糖很少以游离状态存在，但作为支链淀粉或多糖的组成部分，在某些发酵食品如酱油、黄酒或酶法糖浆中有少量存在。 工业上以淀粉为原料生产低聚异麦芽糖需要一种酶，此酶为α-糖苷酶，又名糖基转移酶，简称α-糖苷酶。它能切开麦芽糖和麦芽低聚糖分子结构中α-1，6糖苷键，并能将游离出来的一个糖残基转移到另一个糖分子或麦芽糖或麦芽三糖等分子中的α-1，6位上，形成异麦芽糖、异麦芽三糖、异麦芽四糖、异麦芽五糖和潘糖等。 低聚异麦芽糖振动筛，低聚异麦芽糖筛粉机。
淀粉一喷射液化一β-糖化一α-糖苷转移酶转化一脱色一离子交换一 真空浓缩或喷雾干燥一成品。

低聚异麦芽糖的大无作用量在2g/kg体重以上。对于低聚异麦芽糖粉，老鼠经口投与急性毒性LD50为4g/kg体重以上，与低毒性蔗糖（LD50为29.8/kg体重）和麦芽糖（LD50为26.7/kg体重）相比较，它是极安全的。

低聚异麦芽糖水分活度：在浓度75%、25℃时为0.75。接近蔗糖，用于代替部分蔗糖在食品配方中的换算颇为方便。

低聚异麦芽糖是酵母与乳酸菌不能利用的糖类。添加到面包、发酵乳（酸奶）中，不会被酵母菌、乳酸菌利用掉而残留在食品中发挥其特性，促进双歧杆菌发育。特别是在发酵乳中不会妨碍正常乳酸菌发酵。